之后的日子，柯南再也没有见过降谷零和伏黑东云。
而同样的在这段时间中，柯南发现FBI的行动变得密集起来，他遇到过几次曾经见过的几位FBI警员，似乎在执行什么秘密任务，中途也帮助过他们几次。
在工藤优作的帮助下，柯南和赤井秀一也得知了组织boss的真实身份——乌丸莲耶。
只是柯南注意到赤井秀一在听到这个名字时脸上没有多少惊讶。
不过想看到赤井先生惊讶的表情也有点困难。柯南想。
但在得知乌丸莲耶这个名字引出“乌丸家族”后，反而更加复杂。
组织的boss是一个140岁高龄的老人，他们的目的到底是什么？组织对各国内部势力到底入侵到了什么地步？
曾经他听到的朗姆、库拉索、宾加，库拉索已经被发现离开公安，那么宾加呢？
朗姆的信息柯南已经从灰原哀那边知道得差不多，但被称为组织的二把手还是会让柯南有些许忌惮。
无数谜团环绕着柯南，但可惜没过多久暑假便结束了。
新的学期伊始，柯南所在班级新来了一个副班主任，名为若狭留美。
黑长直发的女人在讲台上坐着自我介绍，大大的眼镜弱化了她的眉眼，有些冒失的行为让班主任小林老师有点头疼。
不过幸运的是班上的孩子都很喜欢她——包括灰原哀。
放学后路过波洛时，柯南并不意外地看到店中只有诸伏景光和榎本梓两人，因为夏天太热，清水樱后来也越来越少到店里来了。
柯南停在波洛落地窗旁看了一会才转身往旁边的楼梯走去，他又想起了那天降谷零说的话。
造成诸伏景光暴露的卧底、最近一段时间见到威士忌不要靠近。
那个男人现在还在公安中，那时降谷零超出寻常时候的怒气让柯南不禁表情凝重。
总感觉……安室先生在筹备些什么。
他到底想要做什么？
玻璃杯中的柠檬气泡水就在这样无知无觉的情况被柯南喝了个干净，吸管中发出了“滋滋”的响声，柯南这才恍然，他松开吸管。
降谷零消失，但是柯南周围的案件不会停止，更何况和降谷零有关的人就在他身
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